Ректорат Національного університету водного господарства та природокористування є постійно діючим колегіальним органом, який здійснює, в межах передбачених Статутом університету оперативне керівництво навчальним закладом, з метою організації виконання Конституції та чинних законів України, підзаконних нормативно-правових актів, а також рішень Вченої ради університету та своїх власних. Ректорат очолює ректор університету, а в разі його відсутності – особа, яка виконує обов’язки ректора за наказом. Ректорат здійснює свою діяльність на принципах колегіальності та прозорості.

Завданнями Ректорату є розгляд, обговорення, вирішення поточних питань в Університеті й поточне планування, формування та розподіл доручень для працівників, учасників освітнього процесу за такими основними напрямками діяльності закладу вищої освіти :

- організація освітнього процесу;

- організація наукової та інноваційної діяльності;

- організація виховної роботи;

- організація міжнародного співробітництва;

- організація кадрової та фінансово-господарської діяльності;

- дотримання процедури внутрішнього забезпечення якості вищої освіти;

- прийняття рішень щодо створення для працівників та студентів Університету належних умов забезпечення освітнього процесу, наукової та професійної діяльності, сприяння їх соціальній захищеності;

- розвиток співпраці Університету із закладами освіти, науковими установами, громадськими організаціями.

- організація та контроль виконання нормативно-розпорядчих документів, що регламентують діяльність Університету, рішень Вченої ради Університету, Конференції трудового колективу Університету, Ректорату;

- вирішення питань, визначених Статутом Університету.