Кафедра створена 1 вересня 1997 р. і мала початкову назву "Кафедра інформаційних систем та математичного моделювання". Очолив кафедру д.т.н., проф. Власюк Анатолій Павлович. У 1999 р. на кафедрі відкрито спеціальність «Прикладна математика», у зв’язку з чим вона отримала назву "Кафедра прикладної математики"